上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女陈源却胸有成竹地带着她们进到酒店的厨房,在一口大缸里找到半缸大米,还有几十把捆装的面条,在冰柜里,又发现了几十斤冷冻的排骨和猪肉、牛肉,在冷藏室里,又发现了一房间的各种蔬菜,鸡蛋、鸭蛋之类的禽蛋也有七种。友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。
此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脫离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。